북한대학원대학교는 체계적인 북한·통일연구와 교육을 선도하고 남북교류·협력 및 통일에 대비할 전문인력 양성을 통하여 민족 번영과 국가 발전 그리고 한반도의 평화와 통일에 기여함을 목적으로 설립되었습니다.
이러한 뜻을 이루려는 노력은 1972년 경남대학교 극동문제연구소가 한반도와 동북아 중심의 연구활동을 통해 남북한 평화와 통일을 증진하고자 설립된 때부터 시작되었습니다. 극동문제연구소는 국내 최초의 북한·통일·평화·안보 연구를 위한 대학부설 연구기관으로 1970년대에 사회주의권 국가연구, 마르크스주의 연구, 북한 연구를 개척하고 주도하였습니다.
이어 1989년 경남대학교 행정대학원 북한학과가 설립되고 1997년에는 경남대학교 북한대학원으로 확대 개편되며 북한·통일연구와 교육이 유기적으로 연결되어 큰 성과를 이루길 기대하게 되었습니다. 그리하여 연구소의 연구 성과와 경남대 행정대학원과 북한대학원의 교육 경험의 토대 위에서 2004년 북한대학원대학교가 설립되고 2005년 개교하였습니다.
북한대학원대학교는 북한·통일 연구 및 실무 전문 인력의 양성, 북한학 발전을 위한 허브(Hub)의 구축, 통일에 대비한 사회교육체계의 수립을 교육목표로 합니다. 이를 통해 체계적인 북한·통일 연구와 교육을 선도하고, 남북교류·협력 및 통일에 대비할 전문 인력 양성을 통하여 민족번영과 국가발전 그리고 한반도의 평화와 통일에 기여하고자 합니다.